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Séminaire DATAIA - Blaise Hanczar - Deep Learning for Omics Data : Application to Phenotype Prediction based in Gene Expression Data

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Séminaire DATAIA - Blaise Hanczar - Deep Learning for Omics Data : Application to Phenotype Prediction based in Gene Expression Data

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Lieu de l'événement
Institut DATAIA - Bâtiment Alan Turing - Palaiseau
Date de l'événement (intitulé)
Jeudi 11 avril 2019 12h00-14h00
Chapo
Today, an increasing effort is put in the field of Precision Medicine to better characterize patients using high resolution technologies (also known as omics) designed to profile different facets of human biology (i.e. genomics, transcriptomics, metabolomics,…).
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Deep learning for omics data : Application to phenotype prediction based in gene expression data

In the first part of the talk, I will make a quick state of the art of the problems in “omics” data analysis in which deep learning has been used successfully. Then I will present our work on the prediction of phenotype based on gene expression data with a deep neural network. In this task, we focus on two issues: the learning with a small training set and the interpretation of the network. For the small training set problem, we propose methods based on transfer learning and semi-supervised learning. For interpretation, we backpropagate the predictions through the network in order to identify relevant genes and neurons that we associate them to biological knowledge.

Biographie

2006 :  Phd université Paris 13 (Apprentissage supervisé pour les données transcriptomiques)
2008 – 2015 :  Maitre de conférence au laboratoire LIPADE (Univ. Paris Descartes)
Depuis 2015 : Professeur des universités au laboratoire IBISC (univ. Evry)

Domaine de recherche :
-  Machine learning: Apprentissage supervisée, Deep learning, Détection d’anomalies, Réduction de dimension, Biclustering, méthodes d'ensemble.
-  Applications: Médecine personnalisée, Données omiques, Système de diagnostic, Transports autonomes, maintenance préventive.
-  Recherches actuelles : Deep learning, Application à la génomique et la santé

Informations pratiques :

Horaires :

De 12h00-14h00

Inscription :

Ouvert à tous. Inscription gratuite mais obligatoire. (merci de présenter une pièce d'identité à l'accueil du bâtiment)

Inscription

Lieu :

Institut DATAIA - Amphithéâtre Sophie Germain
Bâtiment Alan Turing - Centre de recherche Inria Saclay - Île-de-France 
1 rue Honoré d'Estienne d'Orves
91120 Palaiseau

Plan d'accès