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DATAIA Days « Life Sciences & AI »

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DATAIA Days « Life Sciences & AI »

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Date limite pour s'inscrire : 02.12.19

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Lieu de l'événement
DIGITEO MOULON - Bâtiment 660
Date de l'événement (intitulé)
4 décembre 2019
Chapo
Sarah Cohen-Boulakia et Claire Nedellec organisent le premier DATAIA Days « Sciences de la vie et IA » sur l'agronomie et l'IA.
Contenu
Corps de texte

Les DATAIA Days sont des journées thématiques qui ont pour objectif de rassembler largement des chercheurs des disciplines concernées pour partager des connaissances et des enjeux dans ces domaines, consolider une communauté de recherche ancrée localement et ouvrir la voie à la construction de projets communs.

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PROGRAMME
Corps de texte
9h00 - 9h30

Accueil café - Introduction à la journée

   

9h30 - 10h30

 

« PixFruit: l'agriculture numérique au service des filières fruitières tropicales pour l'estimation de rendement » - Emile Faye (CIRAD, UPR HortSys)
   
10h30 - 11h00 Pause café
   

11h00 - 12h00

 

 

 

 

 

Session dédiée à la présentation de deux challenges :

  • « La génétique des plantes rencontre le text mining dans le challenge Seedev » - Bertrand Dubreucq (IJPB-INRA, Université Paris-Saclay), Robert Bossy (MaIAGE-INRA, Université Paris-Saclay)
  • « Challenge en Data Science : le text mining au service de recherches en microbiologie » - Sophie Schbath (MaIAGE-INRA, Université Paris-Saclay), Claire Nédellec (MaIAGE-INRA, Université Paris-Saclay)
   

12h00 - 12h15

 

 

 

 

Session exposés industriels flash :

  • « Comment l'IA bouleverse le business model des capteurs de monitoring des troupeaux » - Philippe Stoop (itk)
  • « L'IA dans les industries du vivant : bilan et recommandations » - Amine Benhenni (Dataswati)
   
12h15 - 13h30 Cocktail déjeunatoire
   

13h30 - 14h30

 

 

Table ronde « Les enjeux et défis en industrie de l’IA en Agronomie »: Amine Benhenni (Dataswati), Benoît de Solan (ARVALIS), Philippe Stoop (itk), Yann-François Bizouerne (Bayer CropScience) - animée par Sarah Cohen-Boulakia (LRI, Université Paris-Sud) et Claire Nédellec (MaIAGE-INRA, Université Paris-Saclay)

   
14h30 - 14h50 Pause café
   

14h50 - 15h50

 

 

 

 

Session de questions ouvertes sur l'agronomie :

  • « Évolution des réseaux biologiques : questions ouvertes liées à la grande dimension et la complexité » - Christine Dillmann (GQE Le Moulon-INRA, Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay)
  • « Intégration de données hétérogènes de plantes : des pratiques d'intégration aux perspectives d'analyse » - Cyril Pommier (URGI-INRA)
   

15h50 - 17h00

 

 

 

 

 

 

Session methodologie :

  • « Data Linking and Knowledge Discovery in RDF Data:  Methods and Some Feedback from Agronomic Applications » - Fatiha Saïs (LRI)
  • « Une méta-analyse statistique des données transcriptomiques identifie une réponse globale d'Arabidopsis aux stress » - Marie-Laure Martin-Magniette (AgroParisTech)

  • « Animaux d'élevage et Intelligence Artificielle : nouvelles données, nouvelles approaches » - Denis Laloë (INRA)

   
17h00 Cocktail

 

Inscriptions gratuites mais obligatoires dans la limite des places disponibles.

Lieu de l'événement :

DIGITEO MOULON - Bat. 660

Rue Noetzlin

91190 Gif-sur-Yvette

En savoir plus
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INTERVENANTS
Nom de l'accordéon
Amine Benhenni
Texte dans l'accordéon

Amine BenhenniAmine est co-fondateur et directeur scientifique de Dataswati, startup qui développe une IA pour aider les industriels à produire mieux, en optimisant leurs coûts et en réduisant leur empreinte carbone (label French Tech Seed Paris-Saclay).

Après une thèse en physique théorique, il a développé depuis une expertise forte sur le numérique et la data sur différents secteurs (web, industrie, banques/assurances, médical), de la R&D au produit, avec des clients et partenaires incluant des labos, des startups ainsi que des grands groupes publiques ou privés (CAC40 et NASDAQ).

Il est aussi conférencier, auteur, et continue d'enseigner (Université Paris Saclay, 3ème année Centrale-Supélec, Exec. Master X, HEC, …) et de former et coacher à l'innovation en entreprise.

Nom de l'accordéon
Benoît de Solan
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Benoit de SolanBenoît de Solan est depuis 2012 le responsable de l’Unité Mixte Technologique CAPTE à Avignon, associant notamment l’INRA et la société HIPHEN.

Expert dans l’usage des capteurs en agriculture au sein de l’institut technique ARVALIS, ses activités concernent toute la chaîne allant de la mesure jusqu’au conseil avec comme principaux domaines d’application le phénotypage variétal et l’agriculture de précision.

Nom de l'accordéon
Bertrand Dubreucq
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Bertrand DubreucqBertrand Dubreucq est titulaire d’une maitrise en biologie des organismes à l’Université de Lille et d’un doctorat en biologie des plantes obtenu à l’INRA.

Après avoir travaillé au sein du Laboratoire de Biologie des Semences, il est Directeur de Recherche à l'INRIA depuis 2013.

Grâce à son expérience, il a acquis une solide expertise en génétique moléculaire des plantes. Ses compétences techniques sont basées sur les outils de la biologie moléculaire, la bioinformatique et de l’imagerie et servent à répondre à des questions biologiques impliquant le développement des graines. Son objectif principal est la compréhension du réseau de transcription contrôlant la transition entre l'embryogenèse et l'accumulation de réserves en utilisant la génétique moléculaire, l'exploration de données et des outils de la modélisation.

Nom de l'accordéon
Christine Dillmann
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Christine DillmannChristine Dillmann est professeure de biomathématiques à l'université Paris-Saclay (UFR sciences) et directrice adjointe de l'UMR Génétique Quantitative et Evolution-Le Moulon. Biologiste de formation, ses recherches portent sur l’évolution des traits d’histoire de vie dans les populations, la modélisation de la relation génotype-phénotype, et la dynamique de l’adaptation. Elles s'appuient à la fois sur la modélisation mathématique et le développement d'approches d'évolution expérimentale (levures, maïs, bactéries) et intègrent des questions liées à l'évolution des systèmes biologiques. Ses activités d'enseignement visent à structurer une offre de formation à l'interface entre biologie et mathématiques à l'université.

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Claire Nedellec
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Claire NedellecClaire Nédellec est chercheur permanent du laboratoire de recherche Mathématiques, Informatique et Gnome (MIG) depuis 2001. Elle anime l’équipe Bibliome. MIG appartient  l'Institut National de Recherche Agronomique (INRA).

Elle a été maître de conférence en informatique au LRI, Université Paris-Sud de 1994  2001 après avoir obtenu sa thèse en programmation logique inductive appliquée à l'apprentissage automatique coopératif.

Son activité de recherche se concentre sur l'application de l'apprentissage automatique à l'extraction d'information à partir de texte, en particulier, l'acquisition d'ontologie et de règle d'extraction d'information. Elle développe des méthodes d'apprentissage automatique appliques  des documents scientifiques et techniques analysés par des outils linguistiques. Elle a été impliquée dans de nombreuses collaborations et contrats nationaux et internationaux en apprentissage automatique, acquisition des connaissance, comme chercheur et comme coordinateur scientifique (Alvis, Quaero) Elle a été présidente de la conférence européenne d’apprentissage automatique ECML, en 1998. Elle a été présidente de la compétition BioNLP Shared Task en 2013.

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Denis Laloë
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Denis LaloeGénéticien quantitatif, Denis Laloë est ingénieur de recherches à l’INRA. Il anime l’équipe « GénomIque, Biodiversité, Bioinformatique et Statistique », au sein de l’unité « Génétique Animale et Biologie Intégrative ».

Il a travaillé sur les aspects liés à la précision et à la connexion dans les plans d’expérience des modèles de prédiction utilisés en évaluation génétique.

Aujourd’hui, ses domaines d’intérêt concernent l’application des méthodes d’analyse factorielle à la caractérisation de la diversité génétique et à l’intégration de données.  

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Émile Faye
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Emile Faye

Emile Faye est chercheur scientifique au laboratoire Système horticole du Cirad. Il a obtenu son doctorat en écologie en 2015 à l'Université de la Sorbonne, Paris, France. Il est actuellement basé à l'ISRA, Dakar, Sénégal, où il mène des recherches en agriculture numérique et en écologie spatiale pour évaluer et améliorer les services écosystémiques dans les agrosystèmes de fruits tropicaux (production de fruits, lutte naturelle contre les ravageurs...). Fort d'une longue expérience dans les pays en développement (Amérique du Sud et Afrique), son travail se concentre spécifiquement sur la mise en œuvre de solutions innovantes pour répondre aux besoins des acteurs de la filière fruits (mangue, agrumes, litchi...).

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Fatiha Saïs
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Fatiha SaisFatiha Saïs est actuellement Maître de Conférence HDR au Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) de l'Université Paris Sud, à l'Université Paris Saclay. Ses recherches portent sur la gestion de l'identité dans le Web de données, la fusion de graphes de connaissances, la découverte de connaissances à partir de graphes de connaissances ainsi que sur l'évaluation de la véracité dans les données. Ses travaux se sont inscrits dans plusieurs projets de recherche nationaux, industriels et européens, impliquant des experts dans des les domaines allant de l’agronomie, à l’audiovisuel en passant par la géographie et la biologie. Elle a publié plus de 50 articles de recherche dans des conférences et des revues nationales et internationales telles que ISWC (International Semantic Web Conference), Journal of Web Semantics, Knowledge Based Systems et Journal of Data Semantics. Elle a été membre de plusieurs comités de programme de conférences internationales (ECAI, ICCS, SIMBig, WETICE, etc.) et de conférences nationales (EGC, IC, BDA).

Nom de l'accordéon
Marie-Laure Martin-Magniette
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Marie-LaureMarie-Laure Martin-Magniette est fortement impliquée dans l'analyse des données génomiques et se situe à l'interface entre la statistique et la biologie moléculaire.
Elle est depuis plus de 15 ans responsable des analyses statistiques des données produites par la plate-forme transcriptomique de l'IPS2. Elle a acquis ainsi une solide expertise en normalisation des données et en analyse différentielle pour les technologies de puces à ADN et de séquençage à haut débit.
Depuis 2005, elle se concentre sur la découverte et les caractéristiques des structures sous-jacentes dans les données génomiques avec des modèles de mélange et des modèles de Markov cachés. Elle a conçu ces modèles en étroite collaboration avec d’autres biologistes et statisticiens.
Depuis septembre 2013, elle dirige l'équipe Réseaux Génomiques de l'IPS2. Le projet de son équipe est hautement interdisciplinaire et concerne la construction de réseaux génomiques du modèle de plante Arabidopsis thaliana pour la découverte de modules fonctionnels et la prédiction de fonctions de gènes orphelins impliqués dans les réponses au stress.

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Philippe Stoop
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Philippe STOOPPhilippe Stoop est le directeur Recherche & Innovation de la société montpelliéraine iTK, un des leaders mondiaux de l’aide à la décision agronomique et des objets connectés pour l’agriculture et l’élevage.

Docteur-Ingénieur en entomologie agricole, il a travaillé au Département Agronomique d’InVivo à l’évaluation des produits phytosanitaires avant d’intégrer iTK en 2009.

Il est Membre Correspondant de l’Académie d’Agriculture de France (Section 9 Agrofournitures), et a rédigé une contribution pour le volet agricole du rapport Villani « AI for Humanity » (http://www.itk.fr/wp-content/uploads/2018/04/ITK-Intelligence-Artificielle-Agriculture.pdf)

Nom de l'accordéon
Robert Bossy
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Robert BossyRobert Bossy est ingénieur de recherche dans l'équipe Bibliome (INRA) et s'intéresse à l'évaluation et l'application de méthodes d'Extraction d'Information en Sciences de la Vie. Il est le principal développeur de la suite Alvis permettant à l'équipe Bibliome d'expérimenter et transférer ses méthodes à ses partenaires. Il a organisé plusieurs éditions de la compétition BioNLP Shared Task au cours desquelles des équipes d'Intelligence Artificielle internationales sont mises au défi. Robert Bossy a une formation universitaire de Systématique et titulaire d'un doctorat en Logique du Vivant à l'Université Pierre et Marie Curie.

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Sarah Cohen-Boulakia
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Sarah Cohen-BoulakiaSarah Cohen-Boulakia est Professeure des universités au Laboratoire de Recherche en Informatique de l'Université Paris-Sud. Elle travaille depuis quinze ans avec des groupes multidisciplinaires réunissant des informaticiens et des biologistes de divers domaines. 
Elle a passé deux ans en tant que chercheuse postdoctorale à l'Université de Pennsylvanie, États-Unis, et 18 mois à l'Institut de Biologie Computationnelle (IBC) de Montpellier à l'interface de deux équipes projets Inria.
Localement, elle est membre du comité de pilotage du Center for Data Science.
Les intérêts de recherche de S. Cohen-Boulakia incluent la provenance et la conception de workflows scientifiques, la reproductibilité des expériences scientifiques, l’intégration, l'interrogation et le classement dans le contexte données de bases biologiques et biomédicales. Elle est activement impliquée dans le GDR MaDICS du CNRS sur la science des données dont elle prend la direction en Janvier 2020.
Elle est fortement impliquée dans les activités d'enseignement du département d'informatique (Master en informatique, Master en bioinformatique, vice-présidente du département en charge de la coordination du programme de premier cycle depuis 2017).

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Sophie Schbath
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Sophie SchbathSophie Schbath est directrice de recherche en Statistique à l'INRA.  Elle dirige l'unité MaIAGE, « Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l'Environnement », du centre de recherche INRA à Jouy-en-Josas, Université Paris-Saclay. Elle a co-dirigé le GDR de BioInformatique Moléculaire de 2006 à 2013 puis elle a présidé la Société Française de BioInformatique (SFBI) de 2010 à 2016. Elle est responsable scientifique de la plateforme bioinformatique Migale depuis 2016. Ses intérêts de recherche portent sur la bioinformatique à l'interface des mathématiques, de l'informatique et de la biologie, tant sur le développement de nouvelles méthodes, que sur la formation continue et le développement de services bioinformatiques intégrant différentes données et calculs.

Nom de l'accordéon
Yann-François Bizouerne
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Yann-François BizouerneYann-François Bizouerne est chef de projet de transformation digital au sein de Bayer CropScience. Biologiste moléculaire et bio-informaticien de formation, il travaille depuis plus de 20 ans au sein de la R&D (Pharma puis CropScience) avec un focus particulier sur la transformation digitale de différents groupes (breeding, trait research, regulatory science) .

Yann co-dirige le programme Innov4Ag au sein du LifeHub Lyon (https://www.lifehublyon.bayer.com/) afin d’accélérer la transformation digitale au sein de Bayer CropScience, via cocréation et incubation de startups dans le domaine de la protection des plantes.