Titre

"Analysis of massive bioinformatics data in the post-COVID-19 era"

Résumé

The COVID-19 pandemic has shown both the importance of bioinformatics methods and the challenges associated to current datasets analysis. Nowadays, the large viral datasets accessible online (e.g., >16M SARS-CoV-2 sequences) offer an opportunity to monitor and study epidemics. However, they also pose many challenges for bioinformatics methods. From viral genome reconstruction to phylogenetic tree analysis, we will explore some aspects of analyzing this data, and discuss how bioinformatics workflows have contributed to scaling up these analyses and enhancing result reproducibility.

Biographie

Après une maîtrise en bioinformatique et biostatistique, Frédéric Lemoine a fait un doctorat en informatique et bioinformatique à l'Université Paris-Sud (désormais Université Paris-Saclay), où il a travaillé sur l'intégration et l'analyse de données de génomique comparative. Après un postdoc à Lausanne, en Suisse, où il a travaillé sur les données de séquençage de petits ARN, il a rejoint GenoSplice où il a été responsable du développement de projets bioinformatiques liés au séquençage de nouvelle génération.

En 2015, il a rejoint l'Institut Pasteur, pour travailler dans l'unité de bioinformatique évolutive, où il participe au développement de nouveaux outils et algorithmes qui visent à faire face à la quantité croissante de données de séquençage.